Od 1 października 2026 r. wchodzi w życie zasadnicza część obszernej nowelizacji Ordynacji podatkowej. Jedną z najważniejszych zmian jest ograniczenie raportowania schematów podatkowych (MDR) do schematów transgranicznych. Ustawa wprowadza również uproszczenia dotyczące nadpłat oraz podwyższa limit podatku, który za podatnika może zapłacić inny podmiot.
Podstawą zmian jest ustawa z dnia 29 maja 2026 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw, ogłoszona 25 czerwca 2026 r. w Dzienniku Ustaw pod poz. 846. Zasadnicza część ustawy wchodzi w życie 1 października 2026 r. Wybrane przepisy weszły w życie już 26 czerwca 2026 r., a niektóre zmiany w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych zaczną obowiązywać 26 grudnia 2026 r.
Koniec raportowania krajowych schematów podatkowych
Zgodnie z nowym brzmieniem art. 86a § 2 pkt 13 Ordynacji podatkowej schematem podatkowym jest wyłącznie podlegające zgłoszeniu uzgodnienie transgraniczne, posiadające ogólną albo szczególną cechę rozpoznawczą, które dotyczy więcej niż jednego państwa członkowskiego Unii Europejskiej albo państwa członkowskiego i państwa trzeciego. Chodzi między innymi o sytuacje, w których nie wszyscy uczestnicy uzgodnienia mają miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd w tym samym państwie, uczestnik prowadzi działalność w innym państwie przez zagraniczny zakład albo uzgodnienie może wpływać na automatyczną wymianę informacji lub wskazanie beneficjenta rzeczywistego.
Nowe przepisy wyłączają z regulacji MDR również uzgodnienia dotyczące podatku od wartości dodanej, w tym podatku od towarów i usług, oraz podatku akcyzowego (art. 86a § 1).
Dla przedsiębiorców działających wyłącznie w Polsce oznacza to istotne ograniczenie obowiązków związanych z analizowaniem i raportowaniem krajowych uzgodnień podatkowych. Nie oznacza to jednak całkowitego zniesienia MDR. Sama obecność zagranicznego kontrahenta nie przesądza o obowiązku raportowania, ale podmioty uczestniczące w transakcjach lub strukturach z elementem transgranicznym nadal powinny każdorazowo ocenić, czy dane uzgodnienie spełnia ustawowe przesłanki schematu podatkowego.
Zmiana roli podmiotu wspomagającego
Nowelizacja uchyla art. 86d Ordynacji podatkowej, czyli przepis regulujący odrębną kategorię podmiotu wspomagającego. Nie oznacza to jednak, że wykonywanie czynności wspomagających przestaje mieć znaczenie.
Nowa definicja promotora (art. 86a § 2 pkt 11) obejmuje także podmiot, który przy zachowaniu staranności ogólnie wymaganej w dokonywanych czynnościach zdaje sobie sprawę lub powinien zdawać sobie sprawę, że podjął się wobec schematu podatkowego czynności wspomagających, i jednocześnie spełnia co najmniej jeden z warunków związku z Unią Europejską (na przykład jest rezydentem podatkowym państwa członkowskiego albo jest zarejestrowany w państwie członkowskim). W określonych przypadkach podmiot dotychczas występujący jako wspomagający, na przykład biuro rachunkowe, kancelaria lub bank, może więc po zmianie przepisów zostać uznany za promotora.
Ustawa wprowadza przy tym nowy mechanizm ochronny (art. 86b § 1a–1f). Promotor, któremu zlecono czynności wspomagające i który nie ma potwierdzenia nadania NSP ani potwierdzenia przekazania informacji o schemacie, może wystąpić na piśmie do zleceniodawcy o oświadczenie, że uzgodnienie nie stanowi schematu podatkowego. Oświadczenie przekazuje się w terminie 7 dni. Do czasu jego otrzymania promotor może wstrzymać się z wykonaniem zleconych czynności bez odpowiedzialności cywilnej i dyscyplinarnej, a brak oświadczenia w terminie uruchamia domniemanie, że promotor zdał sobie sprawę, iż uzgodnienie stanowi schemat podatkowy.
Koniec ustawowego obowiązku posiadania procedury MDR
Ustawa uchyla przepisy nakładające na określone podmioty obowiązek wprowadzenia i stosowania wewnętrznej procedury w zakresie przeciwdziałania niewywiązywaniu się z obowiązku przekazywania informacji o schematach podatkowych.
Nie oznacza to, że każda dotychczasowa procedura powinna zostać automatycznie usunięta. W przedsiębiorstwach prowadzących działalność transgraniczną może ona nadal pełnić funkcję wewnętrznego mechanizmu kontroli zgodności. Warto jednak dostosować jej zakres do nowych przepisów, w szczególności do nowej definicji promotora i mechanizmu oświadczeń, oraz do struktury działalności firmy.
Informacja o stosowaniu schematu po zakończeniu roku
Zmieniają się również zasady przekazywania informacji o stosowaniu schematu podatkowego (art. 86j).
Korzystający, który w danym roku dokonywał czynności będących elementem schematu podatkowego albo uzyskiwał wynikającą z niego korzyść podatkową, przekazuje informację Szefowi Krajowej Administracji Skarbowej w terminie do końca czwartego miesiąca następującego po zakończeniu roku podatkowego, jeżeli jest podatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych albo od osób prawnych. W przypadku spółki wchodzącej w skład podatkowej grupy kapitałowej termin liczy się od zakończenia roku podatkowego tej grupy, a w przypadku pozostałych korzystających od zakończenia roku kalendarzowego.
Informacja jest składana odrębnie dla każdego schematu i zawiera NSP tego schematu oraz wysokość uzyskanej w danym roku korzyści podatkowej, jeżeli wystąpiła, a gdy nie można jej wskazać, szacunkową wysokość korzyści. Nowe przepisy dopuszczają podpisanie informacji przez pełnomocnika.
Nadpłata bez odrębnego wniosku
Istotna zmiana dotyczy również nadpłat wynikających ze skorygowanych deklaracji. Nowelizacja uchyla art. 75 § 3 i 3a Ordynacji podatkowej, które wymagały złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowaną deklaracją.
Od 1 października 2026 r. złożenie korekty deklaracji po upływie terminu do jej złożenia, z której wynika nadpłata, jest co do zasady wystarczające do wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty (art. 165 § 8a). Podatnik nie musi składać osobnego wniosku. Podatnik może dołączyć do korekty pisemne uzasadnienie jej przyczyn (art. 81 § 2a), a jeżeli z korekty wynika nadpłata w wysokości większej niż 10 000 zł, uzasadnienie jest obowiązkowe (art. 81 § 2b).
Organ podatkowy zachowuje prawo do weryfikacji zasadności korekty. W zakresie, w jakim korekta jest niezasadna, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty (art. 75 § 4a), a skorygowana deklaracja nie wywołuje wówczas skutków prawnych w razie odmowy stwierdzenia nadpłaty w całości albo w części (art. 81b § 2a).
Do nadpłat wynikających z korekt złożonych przed 1 października 2026 r. stosuje się co do zasady przepisy dotychczasowe.
Wyższy limit zapłaty podatku przez inny podmiot
Od 1 października 2026 r. limit podatku, który może zostać skutecznie zapłacony przez inny podmiot niż podatnik, wzrasta z 1 000 zł do 5 000 zł (art. 62b § 1 pkt 3). Bez zmian pozostają zasady zapłaty podatku przez najbliższą rodzinę podatnika oraz przez właściciela przedmiotu hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego (art. 62b § 1 pkt 1 i 2), które nie są objęte limitem kwotowym.
Zmiana ta może mieć praktyczne znaczenie między innymi w przypadku rozliczeń dokonywanych w ramach grupy powiązanych podmiotów lub gdy płatność technicznie realizuje inna osoba albo firma.
Należy jednak pamiętać, że zapłata podatku przez osobę trzecią jest dopuszczalna wyłącznie na zasadach określonych w art. 62b Ordynacji podatkowej, w tym pod warunkiem, że treść dowodu zapłaty nie budzi wątpliwości co do jej przeznaczenia. Samo przelanie pieniędzy na rachunek organu podatkowego nie w każdej sytuacji prowadzi do wygaśnięcia zobowiązania podatnika.
Przepisy przejściowe
Nowelizacja zawiera szczególne regulacje dotyczące obowiązków powstałych przed 1 października 2026 r. W szczególności:
- do nadpłaty wynikającej z korekty złożonej przed 1 października 2026 r. stosuje się co do zasady dotychczasowe przepisy;
- jeżeli termin wykonania obowiązków MDR wynikających z dotychczasowych przepisów upływa 30 października 2026 r., obowiązki te wykonuje się na dotychczasowych zasadach (art. 24 ustawy nowelizującej);
- w odniesieniu do zaraportowanych przed 1 października 2026 r. schematów innych niż transgraniczne nie składa się informacji o ich stosowaniu;
- podmiot występujący dotychczas jako wspomagający wykonuje po wejściu w życie ustawy obowiązki promotora, jeżeli spełnia przesłanki wynikające z nowej definicji.
Do 30 września 2026 r. dotychczasowe przepisy, w tym obowiązek raportowania schematów krajowych, obowiązują w pełnym zakresie.
Co powinien sprawdzić przedsiębiorca?
Przed wejściem w życie nowych przepisów warto zweryfikować:
- czy firma uczestniczy w transakcjach lub strukturach mających element transgraniczny;
- jakie obowiązki pozostają do wykonania w zakresie schematów zgłoszonych przed 1 października 2026 r., w tym te z terminem upływającym 30 października 2026 r.;
- czy dotychczasowa procedura MDR powinna zostać uchylona, ograniczona albo dostosowana;
- czy w umowach z doradcami, biurami rachunkowymi i podmiotami z grupy uwzględniono nowy mechanizm oświadczeń o braku schematu;
- czy planowane korekty deklaracji mogą prowadzić do nadpłaty przekraczającej 10 000 zł;
- czy zobowiązania podatkowe firmy są regulowane przez inne podmioty;
- czy osoby odpowiedzialne za podatki i księgowość zostały poinformowane o nowych zasadach.
Podsumowanie
Od 1 października 2026 r. raportowanie MDR zostaje ograniczone zasadniczo do schematów transgranicznych, a uzgodnienia dotyczące VAT i akcyzy są wyłączone z tych przepisów. Ustawa uchyla również obowiązek posiadania wewnętrznej procedury MDR oraz zmienia podział obowiązków pomiędzy uczestnikami uzgodnienia.
Jednocześnie podatnicy mogą co do zasady dochodzić nadpłaty wynikającej z korekty deklaracji bez składania osobnego wniosku, a limit zapłaty podatku przez inny podmiot wzrasta z 1 000 zł do 5 000 zł.
Nowelizacja zawiera jednak przepisy przejściowe. Dlatego sposób postępowania w konkretnej sprawie może zależeć między innymi od daty udostępnienia lub wdrożenia uzgodnienia, daty dokonania zgłoszenia MDR oraz daty złożenia korekty deklaracji.
Materiał ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej ani podatkowej. Ocena obowiązków konkretnego podmiotu wymaga analizy jego sytuacji prawnej i faktycznej. Podstawa prawna: ustawa z dnia 29 maja 2026 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2026 r. poz. 846).